Mikroskop se široko koristi u školama iz nekoliko razloga:
1.Unaprijeđeno iskustvo učenja: Mikroskopi omogućavaju učenicima da iz prve ruke posmatraju sićušne objekte i strukture, pružajući intuitivno iskustvo učenja. Kroz mikroskope studenti mogu vidjeti mikroskopske strukture kao što su ćelije, bakterije i tkiva, te produbiti svoje razumijevanje naučnih predmeta kao što su biologija i hemija. Ovaj praktični pristup učenju pomaže učenicima da bolje razumiju apstraktne koncepte i teorije.
2. Istražite svijet prirode: mikroskopija omogućava učenicima da dubinski istraže sitne pojave i promjene u prirodi. Mogu promatrati detalje insekata, ćelijsku strukturu biljaka, aktivnost mikroorganizama u vodi i još mnogo toga. Kroz ovu vrstu posmatranja, učenici razvijaju radoznalost za svijet prirode i inspirišu strast za naučnim istraživanjima.
3. Razvijanje opservacijskih i eksperimentalnih vještina: Upotreba mikroskopa zahtijeva od učenika da razviju opservacijske i eksperimentalne vještine. Moraju da nauče da podese fokus mikroskopa, da koriste odgovarajuće uslove osvetljenja i da nauče da posmatraju, beleže i tumače fenomene koje vide. Ove vještine su neophodne za razvoj naučno-istraživačkih i eksperimentalnih metoda.
4. Poboljšati naučnu pismenost: Upotreba mikroskopa može poboljšati naučnu pismenost učenika. Oni pomažu učenicima da razviju kritičko mišljenje, zapažanje, rezonovanje i vještine rješavanja problema. Kroz praktičnu primjenu mikroskopa studenti mogu bolje razumjeti značaj naučnih metoda i naučnog istraživanja, te njegovati naučno mišljenje i naučni duh.
5. Podržava multidisciplinarnu nastavu: mikroskopi imaju širok spektar primjena u različitim disciplinama. Osim biologije i hemije, mogu se koristiti i za proučavanje geografije, nauke o materijalima, medicine i još mnogo toga. Multidisciplinarna primjena mikroskopa čini ga svestranim alatom u školskom obrazovanju.