Mikroskop je jedan od najvećih izuma čovečanstva. Prije njegovog pronalaska, ljudske ideje o svijetu oko sebe bile su ograničene na korištenje golim okom ili držanje sočiva kako bi se pomoglo vidjeti golim okom.
Mikroskopi su otvorili čitav novi svijet u ljudskoj viziji, videvši po prvi put unutrašnje djelovanje stotina "novih" sićušnih životinja i biljaka, od ljudskih tijela do biljnih vlakana. Mikroskopija također pomaže naučnicima da otkriju nove vrste i pomaže doktorima u liječenju bolesti.
Prvi mikroskopi su napravljeni u Holandiji krajem 16. veka. Izumitelji su bili Yas Jensen, holandski optičar ili drugi holandski naučnik, Hans Lipsch, koji je napravio jednostavne mikroskope sa dva sočiva, ali nije napravio nikakva važna zapažanja sa ovim instrumentima.
Dvije osobe su kasnije počele koristiti mikroskope u nauci. Prvi je bio italijanski naučnik Galileo Galilej. Prvo je opisao insekta kroz mikroskop nakon njegovih složenih očiju. Drugi je bio holandski trgovac platnom Leeuwenhoek (1632-1723), koji je i sam naučio da izoštri sočiva. Po prvi put je opisao mnoge male biljke i životinje nevidljive golim okom.
Godine 1931. Ernst Ruska je napravio revoluciju u biologiji razvojem elektronskog mikroskopa. Ovo omogućava naučnicima da posmatraju objekte male i do milionitog dela milimetra. Godine 1986. dobio je Nobelovu nagradu.